Początki fundacji opactwa cysterskiego na Podhalu przypadają na I poł. XIII w. Cystersi najpierw osiedlili się w Ludźmierzu, ale po najeździe tatarskim w 1241r. klasztor przeniesiono do Szczyrzyca.
Najcenniejszym elementem zespołu jest bielony z zewnątrz, XVII-wieczny kościół zbudowany na planie krzyża łacińskiego, którego charakterystycznymi elementami są stalowy dach i ceglaste sterczyny.
Z pierwotnej, gotyckiej świątyni zachowały się do dziś m.in. ostrołukowe kamienne portale. Do kościoła przylegają budynki klasztorne oraz skrzydło z czworobocznym wirydarzem.
W wielu pomieszczeniach urządzono dziś sale muzealne. Największymi skarbami klasztoru są krucyfiks z XV w., kamienna kropielnica z XVI w.
W Szczyrzycu czczony jest Cudowny Obraz Matki Bożej pochodzący najprawdopodobniej z XVI w.